牧野の公開用日誌

つっても、非公開のを別につけているわけではない。

Copyright 1999-2002. Jun Makino

当面の予定

2002/4/30

• とりあえずまともなデータが一つはとれた。もうちょっとなんとかしたのをいれておく。
• しばらく前に仕事をふったところから10倍になって仕事が帰ってきたような気が、、、
• なんとかするとやはり落ちる。阿呆である。
• 4/30 14:00 CQ大野さん
  趣味に走って原稿書いて下さいと言われる。
• 4/30 14:00 住友工事。ありゃ、、、
  台坂様どうもです。

• 中井浩一"「勝ち組」大学ランキング"(中公新書ラクレ)なる本の存在を教えてもらう。題と中身が全然違う。駒場のスタッフでも
  • 幽霊
  • 真の幽霊
  • 川口配電図
  というような言葉を聞いてなんのことか分からない人は多いと思うが(そんなことはなくて知らないのは僕だけかも)、そういうひとは読んでおくといいかも。
• そういえばこないだ磯崎さんと柴田君がみてたのがこれだったかな。
• と、そんなことはともかく、今度ブレーカが落ちるともう二度と最大構成には復帰できなさそうなのでスピードリミッタをコードに付ける。なんか悲しい。しかし、エアコンが効くようになったんだからだいぶ消費電力はさがったはずだな。それに外部電源は 100V系だからブレーカ別系統だし。

• うー、いじっているとどうしても段々速くなるんだなこれが。で、そうなると折角苦労して電力消費を落としてもなんにもならないのである。
• いつのまに5% も、、、
• ありゃ、電源ユニットが一つ死んだ？これとても交換できないような作りになってるんだよな。なんか正しい分解方法とかあるんだろうか？
• しょうがないので外部から供給してみる。
• でもって、、あれ、さらにほかのどこかがおなくなりになったような。

• ありゃ、ブレーカが、、、あれ、、、落ちてないじゃん。というかブレーカの入力側に電気がきてない、、、なにが起こったんだ？というか、落ち着いて考えるまでもなくどこか上流にあるブレーカが落ちたにきまっているんだが、それはどこにあるのかがわからないというかそれがあるらしい部屋を管理しているのがだれかがわからないのが問題である。
• でもって、いうまでもなくこういうことは週末とか連休中とかに起こるわけである。
• おお、施設掛長がいらっしゃるではありませんか。休日にお手数かけ てすみません＞施設掛長様。
• さらにコードをいじり回す。昨日の版にくらべて 3% 向上。昨日の版は一昨日版にくらべて 20%向上。
• で、また落ちる。やってることが間抜けである。結局速度が上がった分電力消費も増えるからなあ、、もちろん容量を増やせばそれでいいんだけど、〆切に間に合わないしね。
• というわけでブレーカの動作特性はどんなものかを調べる。これとか。うーん、定格ぎりぎりだと最大数時間落ちないと。つまり、数時間で落ちるのは平均電力が定格というか限界値をほんのわずかだが超えているんだな。で、瞬間最大より平均電流が問題(例えば 30秒くらいなら2倍流せる)。ということは、アイドル時にクロックを落として平均電流を下げれば乗り切れるかな。

• 4/26 3時駒場15-409
  まあ、この、なんと申しましょうか、、、
• 現状では GbE が完全にボトルネックだなあ、、、どうすべえ。2枚いれたら速くなるかしら？

• やはり〆切が延びた。

• あたま山計画更新。
• あれ、落ちるマザーを交換したら微妙に速くなったような。
• Linpack 36.5Tflops(こっちがプレスリリース)ですか。すごい。やっぱり今年は 30T 超えないと厳しいなあ。うーん。

• 科研費交付申請書く。
• あ、いえ。三井先生の本は朝倉からでていた「数値解析入門」(これも題のわりには偏よった内容だ)のほうが個々の説明が詳しくてよいと思いますが、絶版だったような。

• というわけでアブストラクトでっち上げて送る。ふう。

• プログラムいじりまわす。一応動くようになったかな。
• 戎崎さんがセッションをなんかする研究会って、僕のところに3通招待状がきていた(多分別人に)例のあれではないか(2001/11/6 の項参照)。これにいくことにするとなんか死ぬな。

• プログラムいじりまわす。ちょっと動くようになった。

• 4/18-21 Coolchips V 講演は 4/19 9:00-45
  終わった。嬉しいなっと。
• 200V 系のブレーカが落ちた。いかん。

• 1日駒場な日。駒場宇宙地球の新人歓迎会にお邪魔する。今年はなんだか 新しい人が多い。
• これまで2回くらいしか通ったことがない金子研の前を通ると、 A7M266D の空き箱の山が。凄い。
• 今日した仕事は車輪の再発明というか再実装である。しかし、 MPICH が やっていそうなことを普通に TCP ソケットを使って書くだけで 2 倍も速くなっ たりするのは一体何故なんだ？

• その件は昔、今はなき菊地さんの掲示板(というか、復活してはいるけどなんか私にはわからない難しい議論がされている)で菊地さんが書いていたような。
• とはいえ、私の本が偏っているというのはそのとおりで、どれくらいかたよっているかというと鳥坂先輩くらいは、、、ではなくって、要するに書くべきことの 1/4 くらいでページ数がつきたのでありました。
• そういえば、こっちを本にするという話を2年くらいほったらかしてあるな。催促こないし。三井先生の本があるからそれでいいではないかという気もするし。

• 並列版コードに太陽重力を入れるとエネルギーが保存しなくなる。
• いや、単に何故か時間積分のほうのルーチンではソフトニングが 0 でなかったというだけなんだけど。
• 理研は今年はやらないのか。うーん。
• 4/16 13:00 第1回対外広報誌編集小委員会、本部庁舎７階総務課会議室
  げろげろ、私以外の委員は全て入れ替わっているではないか。まあ、小委員会委員長が 広報委員長になったのでこれは残っているようなものではある。広報委員長は週に20個会議があるとか。
• 最近コロキウムや談話会で意識が保てない、、、

• あ、広報の会議は今日じゃなくて明日だった。上に書いてあるのに記憶 違いが。
• でも、この委員任期一年と聞いていたような気もするのですが＞研究科長様(みてないってば)。最初に来たメイルには「来年度」と書いてあるし。大体天文みたいな弱小専攻に全学の委員会の委員をださせないでほしいよね。人数割りなら20年に一度もだせばいいはずである。

• せこせこ年次報告書く。後は久賀さんに埋めてもらえればなんとか。
• なんか知らないけどエネルギーが保存してないのはやはりいかんのでは ないかしら？
• 例えば質点の重力多体系はもちろんハミルトン系でエネルギーが保存するわけ だけど、理想化された系ではなくて天文の具体的な問題を扱う時には例えば物 理的な衝突によるエネルギーの散逸とか仮想的なエネルギー源とかを入れるの でエネルギーが保存しなくなる。これはまあ当然なわけだが、この時に、保存 しなくなるからエネルギーをチェックしませんという人が 10 人中 9 人くら いはいるのはどうしてなんだろう？もちろん、プログラムが正しく時間刻み等 のとりかたも適切であれば、手で散逸をいれたらそれだけ全系のエネルギーが 変わっているわけである。ということは、もちろん逆にいえば 手でいれた散逸の大きさと全系のエネルギー変化が違っていればなにかが間違っ ているわけで(これがあっていてもプログラムが正しいという保証はないが、 間違っていればとにかくどこか間違いがあるのである)、ローカルにいれた散 逸項を時間積分したものを繰り込んだエネルギーが保存していないならもちろ んその計算は間違っているのである。
• というわけで今更だけど田崎さんの「航空写真」の例えについてちょっ と書くと、あれはなんというか、数値計算というのはやれば正しい答が有限時 間ででるものだというのが暗黙の前提にある発言のような気がする。まあ、田 崎さんの知っている業界ではそうなのかもしれないけど(佐々さんの日記をみ ているとそうは思えないけど)、天文の業界ではそういうことはないというの は杉本の時代からあんまり変わってない。出来合いのカメラと飛行機でパイロッ トをやとって写真をとってきて研究になるということは普通はないわけで、今 まではとれなかったものをとれるようにカメラを新しく作ったり、今までいけ なかったところにいけるような飛行機を新しく作ることが研究の重要な一部で あることが、田崎さんふうの意見では全く無視されてるようにみえるのね。で、 そういうふうにみえる態度が、数値計算を使った研究における新しいアプロー チを阻害している面はあると思う。
• この辺は観測的な研究でのハードとソフトの関係と比べるとちょっと面 白いところがある。望遠鏡なり観測衛星を作るのはまさに航空写真をとるため の新しいカメラや飛行機を作ることそのものであるわけだけど、まあ、そうい うのはそれなりにというかちゃんと評価されていると思う。ところが、そこで 解析とかのソフトをやる人というのはその役割は極めて重要であるにもかかわ らず評価は低い(と思う)。まあ、なにが新しいのかが見えにくいせいということも あるのかもしれないけど。

• 渋谷に出来た啓文堂にいく。割合大きいではないか。 W. Rick Stevens の UNiX Network Programmings の新版翻訳とかあったし。(そういう ものを買いにいったのではなかったはずなんだけど)

• 4/12 11:00 IBM 3-404
  ご苦労さまです。
• しかし MPI とかでプログラムってやはりかったるい。もうちょっと簡単 にならないものか？

  MPI ではあらゆることが面倒なわけだが、特にうっとうしいのは、単に SIMD 的に全プロセッサがそれぞれ他の誰かにメッセージを送る、で、送る量は送る 側しか知らないという時に割りあい沢山いろんなことをかかないといけないこ とである。

  
  	if ((myid %2) == 0)
  	    MPI_Send( &nsend, 1, MPI_INT, right,ip*10, MPI_COMM_WORLD);
  	MPI_Recv( &nreceive, 1, MPI_INT, left,ip*10, MPI_COMM_WORLD,&status);
  	if (myid %2)
  	    MPI_Send( &nsend, 1, MPI_INT, right,ip*10, MPI_COMM_WORLD);
  	if ((myid %2) == 0)
  	    if (nsend > 0) MPI_Send(psource, 13*nsend, MPI_DOUBLE,
  				    right,ip*10+1 , MPI_COMM_WORLD);
  	if (nreceive > 0) MPI_Recv(pdest, 13*nreceive, MPI_DOUBLE,
  				   left,ip*10+1 , MPI_COMM_WORLD,&status);
  	if ((myid %2) != 0)
  	    if (nsend > 0) MPI_Send(psource, 13*nsend, MPI_DOUBLE,
  				    right,ip*10+1 , MPI_COMM_WORLD);
  
  

  例えばこんな感じ。もちろん、 sendrecv を使えば書く量は減るはずであると か、受け取るほうはメッセージ長を指定しないで後でステータスをみればいい のではとか、 メッセージ長が 0 でもまともな実装なら動くはずであるとかいろんな意 見はあると思うけど、、、

  ここで必要十分なことを指定するには、例えば以下のような API があればいいこと は少し考えればわかる。

     message_transfer(int target_id, int send_length,void * send_buffer,
                      int source_id, int* receive_length,void * receive_buffer)
  

  送り先(あるいは送り手)がいなければ target_id (source_id) に -1 を指定 する。データはつねにバイト列であり、データ構造とかはない。大体 MPI は 機械が違うと通信もできない(基本的に同じバイナリでないと動かない)癖にメッ セージを送るのに型を指定するのは面倒で間違いを起こすという以上の意味は ない。エラー処理とかそういうことはとりあえず考えない。

  こんなのならソケット使えよという意見は当然あるであろう。僕もそう思うし、 というか多分使うように書き直すんだな、、、

• 4/12 17:00 教務関係の面倒な会議 1-710
  私は見習いなのででるだけ。
• 4/12 19:15 NPC OB会
  ケニヤとかそういう話題が、、、というわけで次なる野望はQuickMLだそうです。皆様ご活用を。
• 年次報告〆切、、、完全に忘れてた。すみません。
• そういえば学振の日独の〆切もあったか。

• とりあえず1ノードは 2.6V にすると、、、ありゃ？駄目か？
• 「科学」4月号を読む。なんだかものすごいことになっているような。加 藤さん、和達さんその他の座談会は、うーん、、、
• 伊藤君の文章がちょっと面白いが、「計算機による研究でもっとも重要 な事は、どのようにすればより効率的に解けるかということ」ってのは、伊藤君がそういうことをいいたいのはよくわかるけど誤解を招きそう。

• 4/10 あさひ中小企業振興財団 中小企業優秀新技術・新製品賞贈賞式
  優秀賞受賞おめでとうございます＞浜松メトリックスの皆様。
• というわけでおまけの私も贈賞式なるものにいってきました。
• 一応 64 Tflops 化。まだ初期不良がつぶせてない。バーンイン中。

• ポスドク公募が回ってきたのでここにも掲載。

  ポスドク募集(生体高分子間の相互作用)
  
  研究内容    生体高分子間の相互作用の研究。とくに、
              MD専用機を利用した蛋白と他の物質との相互作用の研究。
              シミュレーションシステムのアプリケーション化も視野に入る。
              遺伝子データベースとの連携がとれればなお可。
  
  
  職名        研究員 (科学技術振興事業団 BIRD 研究員)
  人数        １名
  
  所属
               JSTバイオインフォマティクス推進事業
              「インタラクトーム解析からの生物知識獲得(BIRD)」
              北陸先端大グループ(代表 佐藤賢二助教授)
              (下記勤務地参照)
  
  勤務地
              採用された研究者は、北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科
              遺伝子知識システム論講座に派遣、配属されます。
  
              講座に関しては
              http://bioinfo.jaist.ac.jp:8000/
              を参照のこと。
              (主要メンバー： 小長谷明彦教授、佐藤賢二助教授、
                              Xavier Defago助手 山本知幸助手)
  
  資格        博士号取得、もしくは採用時取得見込み。
              上記研究内容の経験があれば優遇しますが、これまでの研究は不問。
  
  着任時期    採用決定後なるべく早い時期
  任期        最長２年程度(年度ごと更新、H15年度＋α)
  
  待遇        北陸先端科学技術大学院大学
  
  利用可能設備    MD専用機 (MD-GRAPE)、PCクラスタなど。
  
  応募方法    履歴書、業績リスト、これまでの研究のまとめ(2000字程度)、
              研究計画書(2000字程度)
              応募者への意見を聞きうる三名の氏名と連絡先、
              論文三本程度を以下の宛先にお送りください。
  
              923-1292
              石川県能美郡辰口町 北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科
              山本知幸
              (研究員応募と朱書、簡易書留で送付のこと)
  
  締切        2002年4月30日必着
  
  問い合わせ先
              北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科
              山本知幸
              e-mail: t-yama@jaist.ac.jp
  
  
  

• あたま山計画更新。ネットワークは奥が深い。
• もひとつ公募。作文課題が素敵、というかそのままではないか。

        東京大学大学院理学系研究科ネットワーク室担当教官公募要領
  
  １．公募人員　　　　講師  1名
  
  ２．所属　　　　　　東京大学大学院理学系研究科ネットワーク室
  
  ３．職務概要
        ・ ネットワークの高速化・高機能化およびセキュリティに係わる研究
        ・ 東京大学情報基盤センターキャンパスネットワーク部門との協力のもとで
           行う部局ネットワークの運用・管理
        ・ 専攻および付属施設に対するネットワークデザイン・運用・管理のための
           コンサルテーション
        ・ 理学部中央事務に対する計算機環境整備
  
  ４．任用時期   可能な限り早い時期
  
  ５．応募資格   35歳以下。採用時に博士の学位を有していることが望ましい
  
  ６．提出書類
  
      （１）履歴書（電子メールアドレスおよび参照URLがある場合は明記すること）
      （２）最終学歴の卒業証明書及び学業成績証明書
           （但し、大学院修了の場合は出身大学学部の成績証明書も含めること）
      （３）研究歴、研究業績一覧（主要論文別刷を５部添付のこと）
      （４）実務歴説明書（A4用紙1頁程度）
      （５）推薦書１通（指導教官、所属責任者等によるもの）
      （６）作文（A4用紙１頁、図表１枚）
          　　部局事務室（６０名程度）の計算機環境ついて、一般企業と比べた場合の
              特殊性を述べ、想定される問題点を列挙し、設計案を３案提示し、
              それぞれの利害得失を論じ、最良と思う物について予算案および工程表を
              作成する。
  
  ７．応募期限     2002年4月24日(水)必着
  
  ８．書類提出先
  
         〒113-0033　
         東京都文京区本郷7-3-1
         東京大学大学院理学系研究科　
         人事掛気付　佐藤勝彦理学系研究科長宛
  
         　封筒の表に「ネットワーク室教官応募書類在中」と朱書し
            郵送の場合には，簡易書留にすること
  
  ９．問い合わせ先　　東京大学理学部人事掛 山本　
                       電話：(03)5841-4007、
                       電子メール：yamamoto@adm.s.u-tokyo.ac.jp
  

• 学位審査お礼なんてものがある業界もあるのか。医学部らしい。
• 64246 ということで 1800/w
• 田崎さんの日記の数値計算に関する文章、どうも良くわからない。具体的に誰のどんな仕事が駄目といってるのかな？田崎さんの知るところの数値計算を主につかっている人は全て「ダメ」ということかもしれないけど、田崎さんが誰を知っていて誰を知らないのか分からないしね。
• ほとんどの数値シミュレーションを使った論文を見るとイライラするというようなことは僕にもあるわけだけど、これは単にスタージョンの法則の問題であってシミュレーションしたからいけないという問題ではない。
• 4/8 16:00 理1-205 教務委員会
  なんだか難しい。

• 下北沢に出来た三省堂にいってみる。まあ、売り場面積があんまりないのでそんなに使えるわけではないか。とりあえず「星ナビ」の泉水君の原稿を見る。
• 280 箇所ネジ止めして 192 箇所接着した。接着はあと 384個。

• 転送が遅いのは pppd のせいではということで、 PPxP を入れる。 userlink, ppxp 本体ともソースから configure/make でなんということなく 動くんだが、やはり MTU=1500 では通信できない。というか、 ssh は動くん だけど http が通らない。400 くらいだと動くのでとりあえずそうしておく。

  pppd より速くなったのはいいけど、ここのところ家では電波状態がとて も悪いので 128k になった御利益はあまりないのであった。うーむ。

  at@@lvl
  04
  5
  1
  1
  1
  

  これではだめである。
• 4/6 19:00 野本研送別会
  根津「はんてい」ってどこ？
• ネジ止め。ボード1枚あたり20箇所。明日で終わらせたい。

• 4/5 学部/修士ガイダンス 11:00 3-310
  教務担当になったのでいろいろ説明する。よくわかってないのでいろいろ失態が、、、

• NN 4.5 なんかを使っていてはいけないと怒られたような気がするので、 NN 6.2 を動かしてみるが、なんだか落ちる。設定の問題かな？代わりに Mozilla をいれてみる。これはとりあえず使っていておかしなことはしないような気がする。
• 89 戦全勝、、、はじめからこっちでやって欲しかった、、、
• 63512。 ということはここのところ 300/day ということですね。
• そうか、実は結構な時間が掛かっていたのか。

• 森山さんの日記によると江守君はいま地球フロンティアにいるのか。
• 物理学会原稿の校正チェック。中に入っている手紙をよく読むと 4/3 までに届くように返送しろとかいてある。まあ、私の文章にミスはあっても組版にミスはなかったようなので(実に優秀な印刷社である)、校正が落ちてもあんまり問題ではないような、、、
• 36 戦全勝、、、

• え、6月って、、、16ポートのに替えるか。こっちはあるんだろうな。
• 62919 ... 昨日からの24時間で 300 以上増えてたりして。指数関数でフィットすると e-folding time が約6ヶ月。
• あたま山計画久しぶり更新。研究会の山が過ぎ去ったのでちょっと仕事。
• 下北沢に三省堂が出来たのはいいけど、9時までか。11時くらいまであいてると便利なのに。

• 研究者たるもの、忙しいということは恥ずべきことでありというのは確かにそうなんであって、忙しいというのは基本的にはスケジュール管理能力の不足というだけのことではある。
• 下のカウンタが最近なんだかすごい速さで増えているような気が。基本的に内輪なことしか書いてないし、あんまり面白いページではないと思うんだけど。1999/4/1 以来の3年間で62540 アクセスなので、1日あたりでは約60アクセス。
• とはいえ、思い切りスケジュール管理能力が不足している私、、、 A and A から観測な論文のレフェリー依頼がきて、そんなものを私がみていいのかと思いながらもみてみたら全然理屈が通ってない。 で、とりあえず理屈が通るようにしてくれというコメントを送ったのが2週間前。そしたら返事がきて、それがなんかこんな感じ:
  1. お前のいっとることは正しい
  2. 新しく計算しなおしたら理屈が通るようになった
  3. 新しい計算結果と前の結果とは定性的には変わらん
  4. ので、論文直すの面倒だから前の結果のままで通してくれ
  ヤダ。新しく計算したんならそっちに差し替えてくれ。
• ついでだからかいとこ。宇宙論的N体計算は 10 個粒子があれば信用できるというような主張をするのは「個人の趣味」の問題であるというような発言はやはり論外である。
• オーストラリアから謎の訪問者。Holger が電話をとって日本語で会話したらしい。

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